대웅전에 모셔져있는 나무로 만들어진 이 삼존불은 가운데 석가모니불을 중심으로 좌, 우 협시불로 문수보살과 보현보살을 모시고 있는 형태이다. 최근 대웅전 해체복원관계로 부처님을 임시법당으로 옮기는 과정에 부처님 복장에서 강희 4년(1665년)에 제작되었다는 조연문이 발견되었다. 17세기 후반의 불상양식의 특성이 잘 드러나는 작품으로 절대연대를 알수 있다는 점에서 조선시대 불상을 연구하는데 하나의 기준이 되는 귀중한 작품으로 현재 문화재청에 보물지정을 기다리고 있는 진도에서 가장 소중한 문화재이다.